Bonjour vigemi,
Sachez que lors d'une séparation avec des enfants en garde alternée, un seul parent peut déclarer les enfants à charge sur son dossier allocataire. Certaines aides peuvent être partagées (les allocations familiales par exemple) sur demande des 2 parents et d'autres non comme l'allocation de rentrée scolaire. Je vous mets plus de détails sur les droits des parents lors d'une garde alternée en lien
https://www.aide-sociale.fr/caf-garde-alternee/.
Je pense que vous devriez communiquer avec l'autre parent afin de savoir qui déclare les enfants et pour vous mettre d'accord sur le partage ou non des allocations familiales.
J'attire votre attention sur le partage des allocations logement. Normalement, une décision du Conseil d'État permet dans certains cas de partager les APL. En revanche, de nombreux allocataires sont confrontés au refus de la CAF. Vous trouverez en exemple l'expérience d'un internaute face à cette situation
apl-als-et-garde-alternee-t2235.html#p3484.
Si vous avez d'autres questions, n'hésitez pas à revenir sur le forum.
Cordialement.